潔淨工程應牢固且耐用、便於維護、便於清潔，並具有能防止食品接觸區和內包裝材料受到汙染（如有害動物侵入、棲息地和繁殖）的結構等等。為防止交叉汙染，人員通道和物料輸送通道應分開設置，每條通道應設置氣幕（即風幕）或雙向彈簧門、電子滅蚊（蠅）器等防蟲設施，需將通向室外的管道、門窗、通風管道周圍的縫隙全部填滿，所有窗戶、通風口和風扇口都應設置防護網，高度不僅要滿足工藝和衛生的要求，還要滿足設備安裝、維修及保養的需求。該工程適用於食品、烘焙、乳製品、罐頭、海鮮、調味品等。

清潔工程地麵及排水： 

地麵應鋪設環保、不滲透、不吸收、防滑、不開裂、易於清潔和消毒的建築材料（如耐酸磚、水磨石、混凝土等），地麵要有適當的坡度（1.0-1.5為宜）。 

清潔工程屋頂和天花板： 

屋頂和天花板應采用不吸水、表麵光滑、環保、防黴、耐腐蝕、易於清潔的淺色材料覆蓋或裝飾。在結構上，可以減少結露和滴水。酸奶暴露的上方不應有蒸汽、水、電等輔助管道，防止灰塵或冷凝水落入電腦。 

清潔工程牆壁、門窗： 

牆壁應采用環保、不吸收、不滲透、防黴、光滑、易清潔的淺色材料建造，用這種材料裝飾的高度應達到屋頂。所有門窗結構應采用防鏽、防潮、易清潔的密封框架。 

潔淨工程照明及照明設施： 

要配備有充足的自然采光和人工照明，加工場地工作麵混合照度不應低於300lx，配料級灌裝車間不應低於800lx。 

潔淨工程空氣處理淨化設施： 

要配備有效的通風設備，氣流方向應從潔淨區流向不潔淨區。使用機械通風時，換氣次數應大於每小時3次。潔淨室溫度控製在15-27℃之間，濕度控製在50℃以下，入口處應設置人員、物料淨化設施。